6 grudnia 1990 roku Rada Pedagogiczna Szkoły Podstawowej w Bodzentynie ze względu na bardzo zły stan budynku szkolnego podjęła uchwałę o konieczności przekonania władz oświatowych i gminnych do budowy nowej szkoły.
Zarówno Kuratorium Oświaty i Wychowania w Kielcach, jak i Rada Gminy zaopiniowały uchwałę pozytywnie i od 14 grudnia 1990 roku rozpoczęto działania mające na celu pozyskanie działki na terenie zarządzanym przez Świętokrzyski Park Narodowy.
3 marca 1991 roku odbyło się zebranie mieszkańców Bodzentyna, na którym powołano Społeczny Komitet Budowy Szkoły. Gdy po wielu latach starań w 1997 roku ŚPN przekazał Gminie Bodzentyn działkę przy ul. Wolności 4, rozpoczęto intensywne pozyskiwanie środków na realizację inwestycji.
Dzięki współpracy władz lokalnych i wojewódzkich udało się pozyskać środki z Towarzystwa Krzewienia Kultury Fizycznej, Fundacji Polska-Niemcy, Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska oraz funduszu gminy.
W 1999 roku ze względu na wymogi reformy szkolnictwa zdecydowano, że nowy budynek szkolny zostanie przeznaczony na gimnazjum, które w pierwszym roku istnienia swoją działalność rozpoczęło w ramach Zespołu Szkół, utworzonego przy Szkole Podstawowej w Bodzentynie.
Nowa szkoła była oddawana do użytku etapami w latach 2001 – 2002. W pierwszej kolejności ukończono budowę głównego budynku dydaktycznego, by od 1 września 2001 roku mogli w nim już rozpocząć naukę uczniowie klas pierwszych, drugich i trzecich. W następnym roku oddano do użytku salę gimnastyczną z zapleczem sportowym oraz blok żywieniowy, a rok później wykonane zostały boiska sportowe i zagospodarowanie terenu wokół szkoły.
2 września 2002 roku szkole zostało uroczyście nadane imię majora Jana Piwnika „Ponurego” – bohatera i patrioty, dowódcy Świętokrzyskich Zgrupowań Partyzanckich AK. Wśród licznie zgromadzonych Gości byli obecni m. in.:
MISJA SZKOŁY
PRAGNIEMY DAĆ SPOŁECZEŃSTWU WSZECHSTRONNIE WYKSZTAŁCONEGO CZŁOWIEKA, WRAŻLIWEGO, AKTYWNEGO I DUMNEGO ZE SWOICH KORZENI
Dbamy o rozwój każdego ucznia m.in. poprzez rozwijanie kompetencji kluczowych, wdrażanie technologii informacyjnej, naukę języków obcych, zajęcia artystyczne i sportowe, działalność organizacji, kół zainteresowań i klubów sportowych oraz przygotowywanie młodzieży do udziału w imprezach okolicznościowych, konkursach i zawodach sportowych.
W roku 2004/2005 szkoła brała udział w akcji „Szkoła z klasą” organizowanej pod patronatem Prezydenta RP przez „Gazetę Wyborczą” i Fundację CEO.
Dbamy o rozwój uczniów zdolnych i pomagamy przezwyciężać ograniczenia wychowankom wymagającym szczególnej troski, z dysfunkcjami i ograniczeniami.
Nasi uczniowie osiągają wiele sukcesów w konkursach i zawodach sportowych na szczeblu powiatu, województwa i kraju. W 2011 roku MEN uhonorowało działania nauczycieli i osiągnięcia uczniów przyznaniem tytułu „Szkoła Odkrywców Talentów”.
Dzięki wieloletniej realizacji programów „Przedsiębiorczość w szkole”, „Idea”, „Akademia Przedsiębiorczego Obywatela”, „Ekonomia na co dzień”, uzyskaliśmy Certyfikat Jakości „Szkoła Przedsiębiorczości”.
Realizujemy też wiele programów profilaktycznych i wychowawczych oraz projektów rozwojowych, m.in. „Przyjazna szkoła”, „Przywróćmy pamięć”, „Równać szanse - Skąd pochodzę? Co będę robić w przyszłości?”.
Chcemy, aby szkoła była przyjazna oraz wolna od agresji i nałogów. Staramy się, by zajęcia kształtowały system wartości oparty na tolerancji i wzajemnym szacunku. Uczymy rozwiązywania problemów i wiary we własne siły.
Posiadamy certyfikat "Szkoła bez przemocy".
Pragniemy, by uczniowie czuli się obywatelami Polski i Europy oraz mieli poczucie tożsamości z własnym regionem. Uczymy miłości i szacunku dla Ojczyzny, wzorując się m.in. na postaci Patrona.
Utrzymujemy współpracę ze środowiskiem lokalnym oraz instytucjami wspierającymi edukację i wychowanie. Należymy do Stowarzyszenia Szkół Bohaterów AK, a nasze działania zostały uhonorowane Złotą Odznaką Korpusu „Jodła”.
Nauczyciele i uczniowie swoją codzienną pracą i postawą udowadniają, że zasługują na zaszczytne imię swojego Patrona.